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本小插图将指导你分析来自实验的流式细胞术数据集示例，该实验检查芽殖酵TR母UE液T体RU培E T养RUE物中合成生物回路的荧光报告基因水平在这里，我们分析了一个电路，其中荧光报告基因与蛋白质融合，在添加诱导分子后，该蛋白质会随着时间的推移而降解在诱导后的某个时间（由实验者优化），通过流式细胞术分析这些培养物的荧光在这里，我们演示如何将生成的文件导入到中，使用实验元数据（例如每个样本的和）注释该数据，.fcs Rstrain treatment并编译相关事件和测量结果#导入和注释数据使用导入流式细胞术数据在这里，我们将导入一个示例read.flowsetflowSetoplatel-read.flowSetpath=system.fileextdatass_example package=flowTime,4alter.names=TRUE#add pLatenumbers tothe sampLeNamessampleNamesplatel-paste1_sampleNamesplatelsep=dat-platel如果你有多个板，则可以重复此代码，并且可以组合每个板以组装完整的数据集plate2-read.flowSetpath=pasteexperimentsep=alter.names=TRUEsampleNamesplate2-paste2_sampleNamesplate2sep=dat-rbind2platel plate2J对于本不例，我们将导入兀数据表组装的（在本不例中）的必须sampleNames flowSetdat与的唯一标识符列的相匹配annotation#
[1]TRUEannotation-read.csvsystem.fileextdata.,ss_example.csv,package=flowTime TRUE TRUETRUE TRUEheadannotationTRUE TRUETRUE TRUETRUE TRUETRUE#X nameAFB IAAtreatment repL#
[16]TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE#1l_A
01.fcs l_A
01.fcs TIR1IAA
10.001TRUETRUETRUETRUETRUETRUETRUETRUE TRUE#2l_A
02.fcs l_A
02.fcs TIR1IAA
170.001#
[31]TRUETRUE#3l_A
03.fcs l_A
03.fcs AFB2IAA
10.001我们还可以从我们的数据集创建此列并#4l_A
04.fcs l_A
04.fcs AFB2IAA
170.001#5l_B
01.fcs l_B
01.fcs TIR1IAA
10.051附加注释列或者，可以使用该函数创建一个具有适#6l_B
02.fcs l_B
02.fcs TIR1IAA
170.051createAnnotationsampleNamesdat当列的数据框，name然后可以通过R代码填充该数据框，或另存为CSV文#
[1]⑺l_A
01.fcs,l_A
02.fcsn,,l_A
03.fcs nl_A
04.fcs nl_B
01.fcsn l_B
02.fcs#
[13]l_B
03.fcs l_B
04.fcsl_C
01.fcs l_C
02.fcsl_C
03.fcs ul_C
04.fcs#
[19]l_D
01.fcs l_D
02.fcsl_D
03.fcsl_D
04.fcs l_E
01.fcs l_E
02.fcs#l_E
03.fcsn l_E
04.fcsn,,l_F
01.fcsn nl_F
02.fcsn,,l_F
03.fcsu nl_F
04.fcs
[25]#l_G
01.fcs l_G
02.fcs ul_G
03.fcs11nl_G
04.fcs l_H
01.fcs l_H
02.fcs
[31]#l_H
03.fcsnl_H
04.fcsn件并通过电子表格编辑器填充中的条目顺序sampleNamesdat==annotation$name并不重要，只要能够表不annotation sampleNamesdat中的每个条目即可该函数将按列匹配条目annotateFlowSet mergeByannotation-cbindannotationname=sampleNamesdat#orannotation-createAnnotationyourFlowSet=datwrite.csvannotationfile=path/to/yourAnnotation.csv最后，我们可以使用该函数将此元数据附加到flowset annotateFlowSetoadat-annotateFlowSetyourFlowSet=dat,annotation_df=annotation,mergeBy=name headrownamespDataadat#
[1]l_A
01.fcs l_A
02.fcs nl_A
03.fcs l_A
04.fcs nl_B
01.fcs,,l_B
02.fcs headpDataadat#name XAFB IAAtreatment repL#l_A
01.fcs l_A
01.fcs l_A
01.fcs TIR1IAA
10.001#l_A
02.fcs l_A
02.fcs l_A
02.fcs TIR1IAA
170.001#l_A
03.fcs l_A
03.fcs l_A
03.fcs AFB2IAA
10.001#l_A
04.fcs l_A
04.fcs l_A
04.fcs AFB2IAA
170.001#l_B
01.fcs l_B
01.fcs l_B
01.fcs TIR1IAA
10.051#l_B
02.fcs l_B
02.fcs l_B
02.fcs TIR1IAA
170.051现在我们可以保存这个，任何人都可以轻松力口载和分析这个带注释的flowSet flowSet!write.flowSetadat outdir=your/favorite/directory#Read thefLowSet withthe savedexperimentaL metadata，read.flowSetflowSet folder”path=your/flow/directory,,phenoData=annotation.txt,alter.names=TRUE#编译和绘制数据现在我们准备分析此中的原始数据首先，我们加载将用于对数据进flowSet行子集化的门集为了分析这个稳态或单时间点实验，我们将使用该函数该函steadyState数将对每个事件进行门控，并编译并返回每个事件的相关数据和元数据然后可以flowFrame使用它来可视化完整的数据集flowSetdataframedataframeloadGates#use thedefauLt incLudedgateSet，dat.SS-steadyStateflowset=adat,ploidy=diploid”only=singlets#
[1]Gating withdipLoid singLetgates...#
[1]Converting events...・p-ggplotdat.SS^aesx=as.factortreatmenty=FL2A,fill=AFB+geom_boxplotoutlier.shape=NA+facet_gridIAA~AFB+theme_classicbase_family=Arialbase_size=16+ylimc-1000,10000二+xlabexpressionpasteAuxin mu,sep=+ylabFluorescence AU+themelegend.position=noneP#Earning:Removed85roi^s containingnon-finite vaLuesstat_boxpLot.。
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