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文本内容:
中的计算结果分析GUASSIAN NBO在任务控制行中加上关键词，可对分子进行全面的自然键轨道分析，如果添加“Pop=nbo”的关键词为，则只产生自然布居分析数据Pop=NPA以对称的甲醛分子为例，说明计算输出文件的各相关信息的意义C2v NBO输入文件内容为#P HF/STO-3G scf=tight pop=nboHF/STO-3G//HF/STO-3G spformaldehyde01Cl021r2H31r32a3H41r32a
33180.0r2=l.21672286r3=l.10137241a3=
122.73666566计算结束后，用文本编辑器打开对应的输出文件，查找，可看到相应的计“Gaussian NBO算结果主要有以下几部分重要的信息第一部分显示的是分子中各自然原子轨道占据状况NATURAL POPULATIONS:Natural atomicorbital occupanciesNAAtom NlangType AOOccupancy EnergyO1C1s CorIs
2.00000-
11.059472C1s Val2s
1.08461-
0.261453C1px Val2p
0.90165-
0.044944C1py Val2p
0.
993040.070325C1pz Val2p
0.
853790.14739602s CorIs
1.99999-
20.15602702s Val2s
1.79982-
1.09031802px Val2p
1.09835-
0.11626902py Val2p
1.91857-
0.381261002pz Val2p
1.37055-
0.1540411H3s VaiIs
0.
989820.0225012H4s VaiIs
0.
989820.02250第一列为原子轨道编号；第二列为原子符号；第三列为原子在分子结构中的编号；第四列为原子的角量子数符号；第五列为原子轨道的类型，其中指内层轨道（不参与成“Lang”“Cor”键），指价轨道，指激发态高能级轨道；第六列为轨道中占据的电子数；第七列为“Vai”“Ryd”轨道的能量高低，即能级接下来的第二部分为自然布居分析结果Summary ofNatural PopulationAnalysis:Natural Population的类型
3.Natural BondOrder有种键级NB055Wiberg bondindex matrixin theNAO basis:Atom-atom overlap-weighted NAObond order:有负值？MO bondorder:这三种的关键字是还有二和键级keyword=BNDIDX,NLMkeyword NLM0NB0keyword=NRT；NB
04.0以上版本常用的是Wiberg,NLM0,和NBO NB0键级可以把键级分解成共价成分和离子成分，不过代码不稳定，很多体系会出错对有些高对称体系，有NLM0时会破坏对称性如果没有特别要求，一般用就足够了Wiberg我现在也只是知道怎样生成需要的的文件NBO
5.
0.47先建立高斯的文件，命令行加入在输入文件的最后加入自gjf pop=nboread,$nboarchive61e=**己命名$end即可在文件中找到生成的的文件Scratch.47讨论分子的轨道形状，关键词用或保存文件，再用LUMO HOMOpopreg popfull,check gaussian中的下面转化为文件，再用打开文件即可utilities fcheckfcheck gviewfcheck后电荷/静电势/电子密度等的变化与转移，利用、等软件可以计算相互作用AIMALL AIM2000键临界点处的性质站内联系gyli TA里可以使用双杂化泛函计算弱相互作用Gaussian09站内联系coolrainbow TA有个免费软件叫可以做非常详细的分子间作用力计算SAPT2008,NaturalAtomNo ChargeCore ValenceRydberg TotalC
10.
166922.
000003.
833080.
000005.8330802-
0.
187281.
999996.
187290.
000008.18728H
30.
010180.
000000.
989820.
000000.98982H
40.
010180.
000000.
989820.
000000.98982*Total*
0.
000003.
9999912.
000010.
0000016.00000从上面的数据中，可以看到每个原子上的自然电荷分布情况和该原子中各类轨道的电子占据状况Natural PopulationCore
3.
9999999.9997%of4Valence
12.
00001100.0001%of⑵Natural MinimalBasis
16.
00000100.0000%of16Natural RydbergBasis
0.
000000.0000%of16以上列出的是各类轨道电子占据的汇总情况其中内层轨道有个电子，价轨道有个电子，412基态电子共有个，没有激发态电子16Atom NoNatural Electron ConfigurationC1[core]2s
1.082p
2.7502[core]2s
1.802p
4.39H3ls
0.99H4ls
0.99以上给出的是每个原子的电子构型第三部分为分子的电子结构分析结果LewisNATURAL BONDORBITAL ANALYSIS:Occupancies LewisStructure LowHigh..Occ....-----------------------------,-----------------------,oc.occCycl.Thresh.Lewi..Non-Lewi.C.B.
3.L..L.NL.Dev
111.
9015.
905330.
094672402000.04Structure accepted:No lowoccupancy LewisorbitalsCore
3.
99999100.000%of4Valence Lewis
11.
9053499.211%of12Total Lewis
15.
9053399.408%of16Valence non-Lewis
0.
094670.592%of16Rydberg non-Lewis
0.
000000.000%of16Total non-Lewis
0.
094670.592%of16其中为内层电子对，为中心键，为中心键，为孤对电子，指“CR”“BD”2“3C”3“LP”“L”低占据轨道，指高占据非轨道Lewis“NL”Lewis第四部分给出的是每一个键轨道的电子占据状况和键轨道的组成Occupancy Bondorbital/Coefficients/Hybrids
1.
1.
99777.B..
241.41%
0.6435*C1s
34.36%p
1.
9165.64%
0.
00000.
58620.
00000.
00000.8102Is2s2px2py2pz
58.59%
0.7654*02s
24.04%p
3.
1675.96%
0.
00000.
49030.
00000.0000-
0.
87162.
2.
00000.B..
245.08%
0.6714*C1s
0.00%p
1.
00100.00%
0.
00000.
00001.
00000.
00000.
000054.92%
0.7411*02s
0.00%p
1.
00100.00%
0.
00000.
00001.
00000.
00000.
00003.
1.
99522.B..
351.57%
0.7181*C1s
32.82%p
2.
0567.18%
0.
00000.
57290.
00000.7071-
0.
414548.43%
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100.00%
1.
00004.
1.
99522.B..
451.57%
0.7181*C1s
32.82%p
2.
0567.18%
0.
00000.
57290.0000-
0.7071-
0.
414548.43%
0.6959*H4s
100.00%
1.
00005.
2.
00000.C..l...s
100.00%
1.
00000.
00000.
00000.
00000.
00006.
1.
99999.C..l...s
100.00%
1.
00000.
00000.
00000.
00000.
00007.
1.
99857.L..
1...s.
75.96%.
0.
32.
24.04%
0.
00000.
87160.
00000.
00000.
49038.
1.
91857.L.
2...s.
0.00%.
1.
00100.00%
0.
00000.
00000.
00001.
00000.
00009.
0.
00338.BD*.
258.59%
0.7654*C1s
34.36%p
1.
9165.64%
0.
00000.
58620.
00000.
00000.
810241.41%-
0.6435*02s
24.04%p
3.
1675.96%
0.
00000.
49030.
00000.0000-
0.
871610.
0.
00000.BD*.
254.92%
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0.00%p
1.
00100.00%
45.08%-
0.6714*02s
0.00%p
1.
00100.00%
11.
0.
04564.BD*.
348.43%
0.6959*C1s
32.82%p
2.
0567.18%
0.0000-
0.
57290.0000-
0.
70710.
414551.57%-
0.7181*H3s
100.00%-
1.
000012.
0.
04564.BD*.
448.43%
0.6959*C1s
32.82%p
2.
0567.18%
0.0000-
0.
57290.
00000.
70710.
414551.57%-
0.7181*H4s
100.00%-
1.0000其中指成键轨道，为反键轨道，为内层电子占据轨道，为孤对电子占“BD”“BD*”“CR”“LP”据轨道，为单个激发态轨道“RY”号键为键，占有
1.99777个电子其组成为即1C-
00.6435Cspl.91+
0.7654Osp
3.16,该键由原子的一个杂化轨道和原子的一个杂化轨道组成成键轨道的具体组成为C sp2O sp3aC-0=
0.58622sC+
0.49032sO+
0.81022pzC-
0.87162pzO其中的电子位于原子一方,的电子位于原子一方，为极性键
41.41%C
58.59%O号键为冗键，占有个电子其组成为即该键由原子的一个2C=O
2.00000Cp+Op,C p轨道和原子的一个轨道组成成键轨道的具体组成为p7iC-O=l.0002pxC+l.0002px0其中的电子位于原子一方,的电子位于原子一方，为极性兀键
45.08%C
54.92%O其它的键可以以此类推第五部分是通过二级微扰能的计算确定成键轨道电子与反键轨道电子间所有可能的相互作用其稳定化能代表着电子从成键或占据轨道向反键或空轨道转移的程度,即电子E2的离域化程度Second OrderPerturbation TheoryAnalysis ofFock Matrixin NB0Basis Thresholdfor printing:
0.50kcal/molE2Ej-Ei Fi,j..Dono.NB.i....Accepto.NB.j..kcal/mo..a.u...a.u.within unit1l.B..
11.BD*.
0.
9...
1.
7..
0.036l.B..
12.BI.
0.
9...
1.
7..
0.
0363.B..
9.BD*.
1.
8...
1.
5..
0.
0483.B..
12.BD*.
1.
7...
1.
3..
0.
0434.B..
9.BD*.
1.
8...
1.
5..
0.
0484.B..
11.BD*.
1.
7...
1.
3..
0.
0438.L..
11.BD*.
29.
8...
1.
0..
0.
1598.L..
12.BD*.
29.
8...
1.
0..
0.159从结果看，第8号自然轨道LP2,即孤对电子占据的轨道之一，与两个C・H反键轨道间的作用最大最后一部分是结果汇总，给出各类键或轨道的电子占据状况、能量高低及电子离域方NBO向Natural BondOrbitals Summary:Principal DelocalizationsNBOOccupancy Energygeminal,vicinal,remoteMolecular unit1CH2Ol.B..
1.
9977...-
1.
0940...11g,12g
2.B..
2.
0000...-
0.
443193.B..
1.
9952...-
0.
6946...9g,12g
4.B..
1.
9952...-
0.
6946...9g,11g
5.C..
2.
0000...-
11.
059466.C..
1.
9999...-
20.
156117.L..
1.
9985...-
0.
980348.L..
1.
9185...-
0.
3812...llv,12v
9.BD*.
0.
0033....
0.
8975610.BD*.
0.
0000....
0.281991LBD*.
0.
0456....
0.
6615611.BD*.
0.
0456....
0.66156Total Lewis
15.
9053399.4083%Valence non-Lewis
0.
094670.5917%Rydberg non-Lewis
0.
000000.0000%Total unit
116.
00000100.0000%Charge unit
10.00000+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++指正常的二中心共价键,指内核电子对,指孤对电子,指高能级空轨道可激发占据BD CRLP RY的轨道，RY*、BD*指相应的反键轨道BD
1、BD2和BD3好象是指两个原子间存在的三个不同的键，比如乙快中之间有一个键和个键C-C2IT大概就是这样吧，刚好看了一点有关的资料，现学现买NBO站内联系xhlinkong TA楼上说明白些好吗？、和中括号中数据表达的是什么意思？是分别BD1BD2BD31,2,3表示单键，双键，叁键？还是结合起来表示两个原子间存在的三个不同的键呢？站内yytsnake联系TA应该是指两个原子间存在的键吧，比如分子中，两个原子之间存在三个键，、N2N BD1BD、应该分别代表这三个键，其后的具体形式，应该是这三个键的具体组成和形式2BD3这个你得看两个原子间的键级是多少就代表单键以此类推另外有时候键级不一定是整数站内联系xllifan TA楼:2Originally postedby lkui486at2014-01-0417:02:35这个你得看两个原子间的键级是多少就代表单键以此类推另外有时候键级不一定是整数你好，很感谢你的回复我想问问是不是看这一块的信息？l.
1.
99777.B..l.….
241.41%
0.6435*C1s
34.36%p
1.
9165.64%
0.
00000.
58620.
00000.
00000.8102Is2s2px2py2pz
58.59%
0.7654*O2s
24.04%p
3.
1675.96%
0.
00000.
49030.
00000.0000-
0.
87162.
2.
00000.B..2・・・・♦
245.08%
0.6714*C1s
0.00%p
1.
00100.00%
0.
00000.
00001.
00000.
00000.
000054.92%
0.74IP O2s
0.00%p
1.
00100.00%
0.
00000.
00001.
00000.
00000.0000是代表成键轨道后面括号里面的或者是代表键和兀键吗？BD12站内联系lkui486TA楼3Originally postedby xllifanat2014-01-0417:17:20你好，很感谢你的回复我想问问是不是看这一块的信息？l.
1.
99777.B..l..…
241.41%
0.6435*C1s
34.36%p
1.
9165.64%
0.
00000.
58620.
00000.
00000.8102Is...这个得看具体的杂化形式比如你的和分别怎么杂化的似乎是单键的和的C O1C SP2O SP3轨道作用似乎是双键的和的轨道作用2C PO P站内联系xllifan TA楼4Originally postedby lkui486at2014-01-0417:35:34这个得看具体的杂化形式比如你的和分别怎么杂化的似乎是单键的和的c O1C SP2O SP3轨道作用似乎是双键的和的轨道作用2C PO P•••谢谢你的及时回复我又看了一下C-0=
0.58622sC+
0.49032sO+
0.81022pzC-
0.87162pzO可以得到上述结果，这样之间是键C-0n C-O=
1.0002pxC+
1.0002pxO可以得到上述结果，这样之间是兀键C-0请问，上述的键和兀键是如何确定的？？？谢谢站内联系lkui486TA楼5Originally postedby xllifanat2014-01-0417:46:52谢谢你的及时回复我又看了一下C-0=
0.58622sC+
0.49032sO+
0.81022pzC-
0.87162pzO可以得到上述结果，这样C・0之间是键n C-0=l.0002pxC+l.0002pxO可以得到上述结果，这样之间是兀...C-0按照这个公式计算就可以得到分别的键级啊是的结果差不多是的结果就是那么就说11,22O明你的和分别有一个和一个键C0Ji站内联系lkui486TA楼5Originally postedby xllifanat2014-01-0417:46:52谢谢你的及时回复我又看了一下C-0=
0.58622sC+
0.49032sO+
0.81022pzC-
0.87162pzO可以得到上述结果，这样之间是键C-0nC-0=l.0002pxC+l.0002px0可以得到上述结果，这样之间是兀...C-0你的模型中段基么？这两个原子形成的？hi站内联系xllifan TA楼:6Originally postedby lkui486at2014-01-0417:52:58按照这个公式计算就可以得到分别的键级啊是的结果差不多是的结果就是那么就11,22说明你的和分别有一个和一个兀键C0•••弱弱的问下，是不是成键轨道的具体组成C-0=
0.58622sC+
0.49032sO+
0.81022pzC-
0.87162pzOJI C-0=
1.0002pxC+
1.0002px0结果大约等于的就是键？1结果大约等于的就是冗键？2还有其他情况吗？谢谢站内联系lkui486TA楼8Originally postedby xllifanat2014-01-0419:19:39弱弱的问下，是不是成键轨道的具体组成C-0=
0.58622sC+
0.49032sO4-
0.81022pzC-
0.87162pzOn00=
1.0002pxC+L0002pxO结果大约等于的就是键？1结果大约等于的就是键？2n还有其他情况…根据我的理解就是这样子的++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++==.如何通过绘制轨道1GaussVie..Chemcraft NBO第一步计算用gaussian产生nbo轨道文件下面是一个输入例子为了用Chemcraft比较nbo和分子轨道，还加上了gfinput,pop=full这些选项#p b31yp/6-31g gfinputpopfull,nboreadtestArH
11.33F
11.
952180.$nbo bndidx plot$end这个计算完成后，除了gaussian的输出文件外，还会产生FILE.31141文件补充说明的输入控制选项PS:NB0是指计算键级，指输出所有用来画轨道的文件（默认文件名为bndidxplotNB0FILE.31〜FILE.）可以自己命名加上关键字可以输出文件（默认名，也可以自定义名称）,41,archive FILE.47其中保存了分析的所有信息，可以通过软件读取举例如下NB0GenNBO$nbobndidxplot file=Test-NB0archive file=Test-NBOSend则会输出以及文件Test-NBO.31〜Test-NBO.41Test-NBO.47第二步打开NB0文件用Chemcraft打开FILE.31,会自动加载所有的NBO轨道文件在跳出的“Additional filesforNBO visulization中有一项NBO output”是空的，需要把gaussian的输出文件加进去然后Chemcraft就显示分子模型了（可能需要通过Edit-Rebond来显示键）第三步显示NB0在Chemcraft的Tools菜单下选择Orbitals/Render molecularorbitalso在“Chooseorbitals source中会出现几种轨道类型我们关心的是NB0,故选第一个在接下来的轨道列表中选择想要显示的轨道（在轨道前的方框中打勾），可选多个轨道根据图像的质量，还可以调整格点质量，不过最开始可以先用默认设置Chemcraft回到主界面在左上列表中选择刚刚产生的NBO轨道，在左下方会出现一些选项其中第一行的两个“Show isosurface和Both-signed”是必选的其它的可以根据需要调整第四步把NB0保存为cube文件可以直接通过Chemcraft显示NBO轨道，还可以选择各种显示方式（包括GaussView型）但是如果不喜欢就需要保存cube文件，并用其他软件显示找到想要的NBO后，重复第四步，注意在轨道列表中把右下角的“Save tocube file”也选上，并适当调整网格精度这样就可以把NB0保存为cube文件了cube文件可以用很多软件打开，如Gaussview,还有免费的Gabedit,Molden,JIMP2等，根据经费而定如果了解cube文件格式，还可以把cube文件编辑为2维数据，用matlab、origin等程序画等高线图（contour）小木虫http://emuch.net/bbs/viewthread.php7tid=
15853282.Natural BondOrder的计算NB.
3.1没有这个功能先产生.47文件:・・・・pop=nboread$nb.archiv.Send然后编辑产生的文件,加上选项，加法如下:Gaussian file.47NRTSGENNBO NATOMS=6NBAS=33UPPER BODM$END（原先没有只有一个空格，即$皿也可以加上$NBO NRTSEND NRT,0$END,等关键字）RESONANCESCOORD再用Gennbo
5.0进行计算NBO键级的结果在输出文件的最后NRT计算不是很稳定，经常会遇到找不到参考结构的错误,这时候换个小点的基组也许可以解决弓I自http://emuch.net/bbs/viewthread.php7tid=1877461。
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